小学校が人間教育、しつけ、全人教育に重点を置き、過度の学習に囚われることなく、のびのびとした教育に重点が置かれることに対して、中学校は今後始まる高校・大学、更に職業取得のために知識、知能に重点を移す基礎を習得する3年間と位置づけています。一燈園中学校では他の中学同様、文科省の中学校指導要領に沿いながら学習を進める中で、以下のような他校にない特徴を持っています。
1. 1学年1クラス10名前後の少人数によるきめの細かい教育を行なっています。
2. 毎朝の一燈園礼堂における朝課、昼食時の食作法では常に小学生・高校生と同席し、縱のつながりを大切にしながら礼 儀・作法を身につけます。
3. 英語検定・漢字検定を奨励し、自主学習・自立学習を指導しています。
4. その他一燈園中学校の特徴あるカリキュラム・活動として以下のようなものがあります。
・専門の先生による能・謡曲・洋舞・日本舞踊・剣道など、伝統的、総合的な授業の実施。
・一燈園内の清掃や草取りなどの奉仕活動（作務）。
・保育福祉施設での職業体験。
・本校独自の行事（人権学習、災害被災地への募金活動）。
・小学校から中学・高校まで合同で行う行事（運動会、秋の学習発表会、春の学習発表会）。
